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在定下全年全国专项债的总盘子后，中央会根据各省的具体情况（例如经济总量、经济增速、综合财力、位于东部还是中西部以及承担国家重大发展项目或工程等），将专项债额度分配给各省。各省拿到额度后，会要求各地级市政府申报项目，但这时不会公布给各地级市的具体额度。
各地方及相关项目单位对拟申报项目进行前期准备工作，对照政策及发改项目及投资目录等，开展项目可研，形成《项目可行性报告》，发改办理项目立项批复手续，同级部门确保其他要素保障。
1、各省拿到额度后，各地级市政府会组织市本级以及县市区（园区）组织、包装与申报项目，各个项目的额度由项目编制方确定。项目申报采用“双入库”方式，项目申报单位向同级发改和财政部门申请入库。发改部门是“国家重大建设项目库”，财政部门是“地方政府债券项目库” 。地级市政府发改委和财政会初步评估与筛选项目，之后将通过的项目呈报省发改委和财政厅。2、省发改对项目的真实性、可行性、金额的合理性进行审核。如果审核通过，就可以进入省发改委重大建设项目库。之后，根据“资金跟着项目走”的原则，省发改委和财政厅会对项目库中的项目进行选择，一方面根据项目申报的质量，另一方面也会照顾各地级市之间的平衡。例如，如果各地申报的项目数量与质量差不多，事实上会大致按照各地级市的经济盘子来分配。但如果的确一些地级市报的项目太差，那么该地级市能够获得的专项债额度就会较小。另外决定各地专项债券规模的因素是债务率，债务率高的地区额度就会小。选中的项目进入省财政地方政府专项债券项目库。3、省发改委和财政厅对专项债券进行初核通过后分别申请进入国家发改委和财政部的对应项目库。
国家发改委在对各省项目初审通过后，向财政部和各省反馈项目清单。财政部根据国家发改委项目清单核定下达专项债额度。一般而言，项目一旦进入财政部专项债券项目库，这些项目就可以保证获得专项债的支持。但是，由于打包发行、发行时间差异、各省各地进行内部额度调剂等因素，部分项目获得专项债保障并不充分。
各地政府要设立专项债资金的专门账户。省政府会根据项目进度，对专项债资金进行拨付，以保障专款专用。一般而言，专项债发行成功后18个月资金要使用完毕。但由于当前保增长压力很大，省里会设定时限，要求地方政府尽快使用专项债资金，以形成实物工作量（可以进入统计数据）。然而，从专项债资金到达专门账户到要求资金使用完毕的时间期限太短（通常只有几个月），同时，各个地方项目前期准备实际上并不充分，这些造成事实上专项债资金很难按期使用完毕。因此，对没有能够进入专项债项目库的地方项目而言，依然缺钱。对进入专项债项目库的地方项目而言，这个钱事实上也不好花。在每年底，省政府会对各地级市相关项目专项债资金执行进度进行检查排名。对排名靠后的地级市，在第二年分配专项债资金时，会减少对该地级市的支持。由此形成了激励惩罚机制，来敦促地方政府加快专项债资金的使用。
关于专项债的还本付息，由于大多数项目支持的仍是收益率很低甚至没有收益的基础设施建设、产业园建设，因此专项债的利息支付目前基本上是靠项目所在县市区的财政资金或平台公司的信贷资金来支持。如果专项债不能按期还本付息，这自然会影响未来专项债的项目审批，因此各地政府会千方百计保证专项债的利息支付。关于市一级基础设施投资规划与省一级基础设施投资规划如何衔接，这在一定程度上与省十四五规划、市十四五规划有关。对省、市十四五规划中的省重点、市重点项目，专项债额度在分配方面是给予重点支持的。
经过多年投资建设，我国在基础设施等领域形成了一大批存量资产。有效盘活存量资产，形成存量资产和新增投资的良性循环，对于提升基础设施运营管理水平、拓宽社会投资渠道、合理扩大有效投资以及降低政府债务风险、降低企业负债水平等具有重要意义，是当前各级地方政府和国有企业寻求“破局”的重要方式。在此背景下，国务院办公厅于2022年5月颁布了《关于进一步盘活存量资产扩大有效投资的意见》。根据《意见》的指示精神，有效盘活存量资产、推动形成存量资产和新增投资的良性循环是加快构建新发展格局、推动高质量发展的关键举措。同时，如何找准盘活存量资产的重点方向、选择合法合规的盘活存量资产方式、有效利用盘活存量资产的政策、用好回收的资金以及落实好各方面的风险防控是目前最关切的问题。
